Le point sur le séquençage du génome entier en sécurité des aliments

L'EFSA a publié deux rapports illustrant comment le séquençage du génome entier Visualisation de l'ensemble du matériel génétique d'un organisme donné. (SGE) peut être utilisé dans le domaine de la sécurité sanitaire des aliments et dans quelle mesure ces techniques sont utilisées en Europe.

Le SGE est de plus en plus utilisé dans les laboratoires de santé publique et de sécurité des aliments, mais il est utilisé de manière différente dans différents pays d’Europe et à différentes fins.

Enquête sur l'utilisation du SGE

En 2016, l'EFSA et la Commission européenne ont organisé une enquête sur l'utilisation du SGE dans le cadre de l’analyse de pathogènes alimentaires et hydriques isolés issus d’animaux ou de l’alimentation humaine et animale et de leur environnement dans les pays de l'UE/AELE. Les conclusions principales de cette enquête sont les suivantes :

• Fin 2016, le SGE était déjà utilisé dans les laboratoires de 17 pays parmi les 30 pays sondés.

• Les raisons principales entravant l'utilisation du SGE sont le manque d'expertise et le manque de ressources financières.
   
• Le SGE a principalement été utilisé dans le cadre d’enquêtes portant sur des foyers épidémiques.

Projet « ENGAGE »

Le rapport final du projet intitulé « Etablir la capacité de séquençage de nouvelle génération pour l'analyse génomique en Europe » (ENGAGE) comprend une description de toutes les étapes franchies : diffusion publique de séquences bactériennes, publications scientifiques, exercices d'étalonnage, ateliers, formations et matériel d'apprentissage en ligne.

L'objectif de ce projet, cofinancé par l'EFSA, était d’encourager la coopération scientifique entre les laboratoires européens pour promouvoir l’utilisation du SGE dans le domaine de la sécurité sanitaire des aliments et de la protection de la santé publique.

L’ensemble des documents résultant de ce projet figurent dans le rapport ainsi que sur le site web ENGAGE.